作物基因工程重点实验室是于2011年被吉林省教育厅批准建设，潘洪玉教授现为实验室负责人。实验室主要任务是利用植物分子生物学的理论和基因工程技术，从四翅滨藜等盐生植物中挖掘高产、优质、抗逆等植物新基因，获得高效启动元件，创制高产、优质、抗逆等作物新材料，培育作物新品种等。
目前，实验室主持并完成了农业部转基因生物新品种培育重点项目-“植物抗逆基因与逆境诱导性启动子的克隆与功能验证和转化玉米的研究”(2009ZX08009-062B)等，获得了一批抗病、抗盐等多抗植物新基因和诱导型高效启动子，创制并培育了一批高产、优质、抗病等性状作物新材料，建立了功能基因的克隆与转化体系，为培育丰产、优质、高效、多抗农作物新品种奠定坚实基础。
实验室在遗传资源的筛选、创新与利用、重要功能基因的克隆与鉴定、作物遗传转化和转基因作物新品种的选育三个层次研究方面，取得一些突出成果。其中，2020年“植物抗逆新基因和诱导型启动子功能解析”获得了吉林省自然科学二等奖。
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